StjórnStjórn Austurhafnar heldur fundi hálfsmánaðarlega í Hafnarhúsinu og hefur komið sér upp samráðshópi til að vera til ráðgjafar um gerð hússins. Til frekara samráðs, og hópnum til aðstoðar, eru tengiliðir úr hópi væntanlegra notenda hússins. Í stjórn Austurhafnar (frá 28. júní 2010) eru:
Stefán P. Eggertsson, stjórnarformaður
Birgir Björn Sigurjónsson, fulltrúi borgarinnar
Gísli Þór Magnússon, fulltrúi ríkisins
Kristbjörg Stephensen, fulltrúi borgarinnar
Kjartan Örn Ólafsson, fulltrúi borgarinnar
Pétur Ásgeirsson, fulltrúi ríkisins
Þórhallur Arason, fulltrúi ríkisins
Varamenn:
Hafsteinn S. Hafsteinsson
Regína Ásvaldsdóttir